RtoolとPowerPath VEの互換性に関してはリリースノートにその注意点があります。

抜粋

RTOOLS must be the same version or newer as current PowerPath/VE release

Version　(VEと同じもしくは新しいバージョンでなければならない)

RTOOLS versions are backward-compatible with all earlier versions of　PowerPath/VE.

そのためPowerPath/VE 5.9 SP1 P03 と rtools 6.0 SP1　であればサポートされています

参考文献

https://support.emc.com/docu58414_PowerPath-VE-for-VMware-vSphere-6.0-Release-Notes.pdf?language=en_US　

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