Data Domain：DD6400+ES40、DD6410+ES120構成で拡張シェルフの停止

左コントロールパネルシステムLEDは15分以上経過後もシステムLEDが点滅（青）している状態となります。
消灯するまで待機が必要でしょうか。

はい。青から橙に変わり、その後に消灯するまで待ってください。

以下はSolVeオンラインからダウンロード可能な、Replacement Procedures: DD6400のドキュメントからの抜粋です。

1. Stop the system using the system poweroff command to allow the proper shut down of the file system and other system components. The power down process takes approximately five minutes to complete. The system poweroff command immediately turns the front panel blue LED to amber, and is complete when the front panel LED turns off.
NOTE: The system fans still run, and NIC port LEDs still flash after running the system poweroff command.
2. Open the cable management arms.
3. Disconnect the AC power cords from the rear of the system.

システムLEDが点滅（青）ということは、何故かシステムIDモードに入ってしまっているということはないでしょうか。

もしもそのような場合は、システムLED（Control Panel Status LED）を押して、一度システムHealthモード（青点灯）に変更してから再度system poweroffコマンドを実行してみてください。

[参考]
DD6400のFront LED indicators

system power off を実行後、DD6400の前面ディスクのLEDが消灯した時点で、
拡張シェルフ（ES40）の電源を抜いて良いのでしょうか。
本体のシステムLEDの点滅（青）の消灯するまで待機が必要なのでしょうか。

本体のシステムLEDが消灯するまで待機してください。

DD Operating System 8.3 Administration GuideのP.52に以下の順番が明記されています。

7. Verify that the blue power LED on the controllers is off to confirm that the system is powered down.
8. When the controller has powered off, switch off any external expansion shelves.