Unity の仕様について

Unityは最新OSでSSD10％積むと重複排除機能を使えるようになるとの事でしたが、
SSDを全く搭載しない、HDD構成だと懸念点は何がありますでしょうか。

特にはありません。HDD構成でも問題なく動作します。

ただし、懸念ではないのですが、記載して頂いた重複排除の機能が使えないために必要とされるドライブ容量が少し多めに必要となることや、FAST Cacheが使えなかったり、そもそもドライブの処理速度もSSDに比べると遅いために全体のパフォーマンスはSSD搭載モデルよりも悪くなるということは考慮に入れる必要があると思います。

スナップショットを取る予定がありますが、頻繁に取らない運用にする場合、仕様上は、HDDのみ搭載でも問題ないでしょうか。

はい。スナップショットの実態はメモリにあるポインタ情報なので、HDDだから問題が発生するということはありません（頻繁に取得して頂いても問題ありません）。